首先，物流供应链缺乏供应链成员的有效参与。在企业物流成本管理过程中，企业要更好的立足于供应链管理的思想，为了能够完整全面的反映物流成本，这就需要企业中的供应链成员有效地参与到企业物流成本的管理过程中。但是在实际的企业物流成本管理中，许多供应链成员的成本意识不高，不能够积极有效地参与企业物流成本管理工作，不能够形成一个有效的合作团队。供应链成员对物流认识肤浅。企业的生产面临两个方面的物资流通，这个过程需要高素质的决策者和业务人员来实现，可是我国目前的企业管理者对物流的认识淡薄肤浅，没有形成物流成本管理理念。

其次，对物流职能和供应链物流职能的主要流程分析不够。在企业物流的职能运行过程中，物流供应链的职能对其有着重要的影响。并且在发展运行的过程中两者发生相互作用，例如：地点选择、顾客服务以及产品需求预测等等。不同的企业由于企业内部的业务和性质不同，因此物流职能也会不尽相同。如果对物流职能和供应链职能的流程分析不准确，就会造成物流企业运行的混乱，不利于物流供应链成本管理工作的顺利运行。

再次，对供应链物流职能的规定不严密。如果供应链物流职能流程的细化不够明确，就会造成不能准确的提供重要的成本信息。在物流企业的运行过程中，把供应链物流流程细化为十分清晰的活动，能够提高物流成本和核算流程的准确性，相反，就会很难掌握物流成本。在多数情况下，大部分主要的物流流程分解程度需要达到分解活动和特定成本的相互联系。

第四，物流供应链成本管理缺乏透明度，缺少相关的成本统计资料。在物流企业运行过程中，供应链物流成本管理一般情况都要满足财务报告的基本需要，它需要企业用标准成本会计制作外部相关报表，但是，当前许多企业的成本细节没有被清晰描述，缺乏一定的透明度。我国企业当前运行的成本核算体系，没有对物流成本费用进行单独核算，物流成本被分散在许多其他成本项目中，这样就造成了成本管理资料的缺失，不利于物流供应链成本管理工作的正常运行。

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